Około godz. 7:00 18 kwietnia 2010 trumny z ciałami prezydenta i jego małżonki zostały przewiezione z katedry do Wojskowego Portu Lotniczego na Okęciu. Po ceremonii ich pożegnania na płycie lotniska zostały przetransportowane drogą powietrzną na lotnisko Kraków-Balice.
O godz. 14:00 w bazylice Mariackiej rozpoczęła się uroczysta msza żałobna z udziałem rodziny, najwyższych władz państwowych oraz zagranicznych delegacji (łącznie ponad 700 osób). Ponad 150 tys. żałobników było obecnych na Rynku Głównym, okolicznych ulicach, na krakowskich Błoniach oraz przed bazyliką Miłosierdzia Bożego w Łagiewnikach. Uroczystości pokazywane były na specjalnie w tym celu zamontowanych telebimach oraz transmitowane na żywo przez polskie i zagraniczne stacje telewizyjne.

Nabożeństwu przewodniczył kardynał Stanisław Dziwisz. Wraz z nim mszę żałobną koncelebrowali niemal wszyscy kardynałowie, arcybiskupi i biskupi Konferencji Episkopatu Polski oraz liczne delegacje biskupie zza granicy. Nuncjusz apostolski w Polsce abp Józef Kowalczyk odczytał specjalny list od kardynała Angelo Sodano (który ze względu na utrudnienia w ruchu lotniczym nie mógł przybyć na pogrzeb). Po mszy żałobnej przemówienia wygłosili: marszałek Sejmu Bronisław Komorowski, przewodniczący NSZZ Solidarność Janusz Śniadek oraz prymas Polski abp Henryk Muszyński. Egzekwie żałobne zostały odprawione w dwóch obrządkach; w rycie łacińskim odprawił je rzymskokatolicki metropolita warszawski abp Kazimierz Nycz, w rycie bizantyjskim prawosławny abp łódzko-poznański Szymon Romańczuk. Po zakończeniu nabożeństwa odbył się koncert Metamorfoz Richarda Straussa w wykonaniu Berliner Philharmoniker.
#NOWA_STRONA#

Po mszy świętej trumny z ciałami Lecha i Marii Kaczyńskich umieszczone zostały na lawetach armatnich. Zebrany na rynku tłum spontanicznie odśpiewał Mazurka Dąbrowskiego. Kondukt żałobny przeszedł następnie ulicami: Grodzką, św. Idziego, Podzamcze na Wawel. Zebrani żałobnicy klaskali i wielokrotnie skandowali: Lech Kaczyński! oraz Dziękujemy! Rzucano też kwiaty na lawety.

Orszak liczył kilkaset osób; otwierał go krucyfer, po obu stronach orszaku szli biskupi w strojach żałobnych, orkiestra wojskowa oraz kompania reprezentacyjna Wojska Polskiego w umundurowaniu trzech rodzajów sił zbrojnych. Przed lawetą kroczył kardynał Dziwisz, kościelny mistrz ceremonii ks. prałat Konrad Krajewski oraz nuncjusz abp Józef Kowalczyk. Za trumnami podążała najbliższa rodzina, najwyżsi dostojnicy państwowi, bractwo kurkowe, rektorzy krakowskich uczelni oraz przybyli goście. Do orszaku dołączył, nieobecny podczas mszy w bazylice i w ostatniej chwili przybyły z Rzymu prezydent Gruzji Micheil Saakaszwili (małżonka prezydenta Gruzji Sandra Roelofs dotarła do Krakowa kilka godzin wcześniej i reprezentowała państwo gruzińskie na mszy pogrzebowej w bazylice.

Gdy kondukt dotarł pod znajdujący się u stóp Wawelu Krzyż Katyński, rozległ się dźwięk dzwonu Zygmunta, który bił przez 30 minut.
Na ulicy Podzamcze trumny zostały zdjęte z lawet i poniesione przez żołnierzy do katedry.
#NOWA_STRONA#

W katedrze na Wawelu, przed ołtarzem koronacyjnym królów polskich, na specjalnych katafalkach ustawiono trumny pary prezydenckiej nakryte czarną tkaniną z motywami lilii andegaweńskiej. Kardynał Dziwisz po raz ostatni odprawił modły, tzw. ostatnią stację.

Trumny z ciałami zmarłych zostały następnie wyniesione z katedry i złożone w jej podziemiach we wspólnym alabastrowym sarkofagu w krypcie pod Wieżą Srebrnych Dzwonów, w przedsionku krypty Józefa Piłsudskiego. W czasie składania ciał do grobu oddano 21 salw armatnich. Ostatnia część pogrzebu miała prywatny charakter i nie była transmitowana przez media. Uczestniczyli w niej najbliżsi krewni oraz przyjaciele – w tym – gruzińska para prezydencka.
#NOWA_STRONA#

Bezpośrednio po pochówku na dziedzińcu Zamku Królewskiego na Wawelu członkowie rodziny zmarłych: Jarosław Kaczyński, Marta Kaczyńska wraz z córką oraz przedstawiciele najwyższych władz państwowych: Bronisław Komorowski, Donald Tusk, Bogdan Borusewicz oraz Radosław Sikorski odebrali kondolencje od delegacji zagranicznych.

Zaraz po pogrzebie ambasador Stanów Zjednoczonych w Polsce Lee A. Feinstein złożył pod Krzyżem Katyńskim w Krakowie wieniec od prezydenta Baracka Obamy i narodu amerykańskiego.

Transmisję telewizyjną z uroczystości pogrzebowych oglądało w Polsce ponad 13 milionów widzów.