7 stycznia 1949 r., po kilku dniach ubeckiego śledztwa, „Anoda” już nie żył. 12 stycznia został pochowany w tajemnicy przed rodziną i kolegami. Dopiero na początku marca 1949 r. ojciec Kazimierz Rodowicz otrzymał pismo z Naczelnej Prokuratury Wojskowej. Mjr Mieczysław Dytry informował, że 7 stycznia o drugiej po południu Jan Rodowicz „popełnił samobójstwo, wyskakując z okna podczas przeprowadzania go z aresztu. Mimo natychmiastowej pomocy lekarskiej, zgon nastąpił w chwili po wypadku”, i że został pochowany na Powązkach Wojskowych jako NN.

Kilka dni później rodzinie udało się ustalić, gdzie dokładnie Jan jest pochowany. Jego matka, Zofia, tak o tym pisała: „Kierownik biura pogrzebowego, który potem okazał się być znajomym Janka, gdyż prowadził z Jankiem ekshumację „Zośkowców” w 1945 roku, przyniósł od siebie z gabinetu kartkę z numerem grobu Janka. Polecił [...] trzymać ją na wierzchu i powiedział, że „gdyby ktoś przyszedł z rodziny Rodowiczów [...] proszę im powiedzieć, że pochowany został pod numerem takim-to”.

W ekshumacji przeprowadzonej przez rodzinę „Anody” uczestniczyła lekarka, Anna Rodowiczowa. Zbadała ciało, na ile to było możliwe w tych warunkach, nie stwierdzając złamań, uszkodzeń głowy, których można się było spodziewać po upadku z wysokiego piętra. Zauważyła natomiast za uchem strużkę zaschniętej krwi… i okrągły, niewielki otwór. Czyli postrzał?

W latach dziewięćdziesiątych XX w. przesłuchano żyjących oprawców Rodowicza. To mjr, później ppłk Wiktor Herer, naczelnik Wydziału IV Młodzieży Departamentu V Ministerstwa Bezpieczeństwa Publicznego, który specjalizował się w inwigilowaniu środowisk artystycznych i akademickich – to on formalnie wydał nakaz aresztowania „Anody”, oraz por. Bronisław Klejn. Obaj kategorycznie zaprzeczali, jakoby Rodowicz był w gmachu resortu torturowany.

– Nie upilnowałem. Wymknął się – twierdził Klejn. W świetle jego zeznań „Anoda” wyskoczył przez otwarte na oścież okno w pokoju, do którego sekretarka poleciła konwojentowi wprowadzić więźnia na czas oczekiwania na Herera.

Według dokumentów zgromadzonych w Instytucie Pamięci Narodowej, „Anoda” był przesłuchiwany co najmniej czterokrotnie: zaraz po zatrzymaniu, 24 grudnia, a później 29 grudnia oraz 4 i 7 stycznia.

Rodowicza przesłuchiwał również Wiktor Herer. W latach 70. został profesorem nauk ekonomicznych, członkiem prezydium Polskiej Akademii Nauk, a w 1980 r. z rekomendacji Jacka Kuronia doradcą Komisji Krajowej NSZZ „Solidarność” ds. rolnictwa, zmarł w 2003 r.