W 1951 roku, a więc rok przed tym, gdy została ogłoszona królową, na audiencji w Watykanie przyjął ją papież Pius XII.

Podczas kolejnej wizyty w Watykanie monarchini, która była głową Kościoła anglikańskiego, spotkała się z Janem XXIII w 1961 roku. Przypomina się, że papież pytał młodą Elżbietę II o imiona jej dzieci.

Jana Pawła II odwiedziła w 1980 i była to audiencja ściśle protokolarna.

W 1982 roku Jan Paweł II jako pierwszy papież udał się z wizytą do Wielkiej Brytanii. Intensywna pielgrzymka na przełomie maja i czerwca odbywała się w nadzwyczaj trudnym momencie konfliktu Wielkiej Brytanii i Argentyny o Falklandy. To z tego powodu w programie wizyty nie było żadnych spotkań papieża z brytyjskimi politykami. Jan Paweł II udał się natomiast do Buckingham Palace na spotkanie z królową Elżbietą. Nagrania filmowe z tej wizyty dokumentują serdeczny klimat, jaki panował między monarchinią a papieżem.

Po raz trzeci spotkali się w Watykanie w październiku w 2000 r., czyli w Roku Wielkiego Jubileuszu. Elżbieta II złożyła wizytę nie jako głowa Kościoła anglikańskiego, lecz jako głowa państwa. Nie wygłosili przemówień; wręczyli je sobie nawzajem w kopertach.

Królowa w swoim wystąpieniu podkreśliła zasługi papieża w przełamywaniu historycznych różnic i zbliżeniu katolików oraz anglikanów. Podziękowała też za jego zaangażowanie w proces pokojowy w Irlandii Północnej i walkę ze światowym ubóstwem. Napisała także, że jej wizyta w Roku Wielkiego Jubileuszu ma szczególne znaczenie.

Jan Paweł II w swoim tekście wyraził pragnienie, aby Europa była wolna od konfliktów i wierna swoim historycznym ideałom.

We wrześniu 2010 roku Benedykt XVI odwiedził Wielką Brytanię i spotkał się z Elżbietą II w Edynburgu. Głównym punktem jego podróży była beatyfikacja kardynała Johna Henry’ego Newmana, konwertyty. Ówczesny rzecznik Watykanu ks. Federico Lombardi opisał klimat spotkania jako "przyjacielski, radosny, serdeczny, rodzinny".

W kwietniu 2014 roku papież Franciszek przyjął monarchinię i jej męża, księcia Filipa w Watykanie. Para królewska przywiozła wtedy papieżowi koszyk specjałów. Elżbieta II, wręczając podarek, żartowała w rozmowie z papieżem, że przysmaki te są tylko dla niego.