W kwietniu 1982 r. na spotkaniu czterech przywódców regionów: Zbigniewa Bujaka (Region Mazowsze), Bogdana Lisa (Region Gdańsk), Władysława Frasyniuka (Region Dolny Śląsk) i Władysława Hardka (Region Małopolska) została założona Tymczasowa Komisja Koordynacyjna NSZZ „Solidarność”, która „miała działać do czasu wznowienia prac przez Komisję Krajową NSZZ „Solidarność” z Lechem Wałęsą na czele”. Działała w ścisłej konspiracji oraz określała program i metody walki Związku, w tym podejmowała decyzje o akcjach oporu w całym kraju.

W roli władz Solidarności od 29 września 1986 r. występowała także Tymczasowa Rada NSZZ „Solidarność”, powołana przez Lecha Wałęsę, w skład której weszli: Bogdan Borusewicz, Zbigniew Bujak, Władysław Frasyniuk, Tadeusz Jedynak, Bogdan Lis, Janusz Pałubicki i Józef Pinior. W oświadczeniu uzasadniającym powołanie TRS Wałęsa stwierdził, że amnestia z września 1986 r. wobec więźniów politycznych budzi nadzieje, że władza komunistyczna wchodzi na drogę dialogu i porozumienia. I chociaż formalnie działalność TRS była nielegalna, to władze nie podjęły ostrych represje wobec członków Związku.

Powstanie nowej struktury krytycznie oceniali działacze Tymczasowej Komisji Koordynacyjnej. W październiku 1986 r. wyrazili nawet opinię, że nie widzą podstawy do zmiany podziemnej formuły działania na jawną. Jednak 25 października 1987 r., na wspólnym posiedzeniu Tymczasowej Komisji Koordynacyjnej „S”, Tymczasowej Rady „S” i Lecha Wałęsy, wydano komunikat o powołaniu Krajowej Komisji Wykonawczej NSZZ „Solidarność”, w której skład weszli niektórzy członkowie obu dotychczas istniejących struktur. W opozycji wobec KKW pozostali działacze, którzy odrzucali możliwość kompromisu z władzami komunistycznymi m.in. Andrzej Gwiazda i Marian Jurczyk, którzy wkrótce powołali Grupę Roboczą Komisji Krajowej.

Przewodniczącym Krajowej Komisji Wykonawczej NSZZ „Solidarność” został Lech Wałęsa, a jej członkami Zbigniew Bujak, Jerzy Dłużniewski, Władysław Frasyniuk, Stefan Jurczak, Bogdan Lis, Andrzej Milczanowski, Janusz Pałubicki i Stanisław Węglarz.

W Oświadczeniu z 5 grudnia 1987 r. Krajowa Komisja Wykonawcza NSZZ „Solidarność” podtrzymała gotowość do poparcia niezbędnych reform gospodarczych (tzw. „pakt antykryzysowy”, zgłoszony na I Krajowym Zjeździe Delegatów „Solidarności”), ale pod warunkiem wycofania represyjnego ustawodawstwa wprowadzonego po 13 grudnia 1981 r., wprowadzenia wolności stowarzyszania się i przywrócenia pluralizmu związkowego.

Władze komunistyczne do rozmów przystąpiły jednak dopiero po fali strajków z 1988 r. Minister spraw wewnętrznych gen. Czesław Kiszczak zorganizował 31 sierpnia 1988 r. spotkanie z Lechem Wałęsą, w czasie którego zaproponował opozycji udział w rozmowach okrągłego stołu. 10 września 1988 r. KKW poparła decyzję Lecha Wałęsy o rozpoczęciu negocjacji z władzami, domagała się jednak od władz zaprzestania represji i legalizacji „Solidarności”. I choć negocjacje z komunistycznym rządem trwały od 6 lutego do 5 kwietnia 1989 r., to dopiero 17 kwietnia 1989 r. Sąd Wojewódzki w Warszawie ponownie zarejestrował NSZZ „Solidarność”. Krajowa Komisja Wykonawcza NSZZ „Solidarność” zakończyła zaś działalność wraz z wyborem nowej Komisji Krajowej podczas II Krajowego Zjazdu Delegatów z kwietnia 1990 r.