Pogrzebowej mszy świętej przewodniczył metropolita gdański abp. Sławoj Leszek Głódź. Msza odbyła się w asyście wojska i harcerzy, a o oprawę muzyczną zadbał chór Capella Gedanensis. Obecni byli także związkowcy z „Solidarności”, m.in. Piotr Duda, przewodniczący Komisji Krajowej i Krzysztof Dośla, przewodniczący Regionu Gdańskiego.

Przed mszą odczytano list od prezydenta Andrzeja Dudy: „Jego pełne poświęcenia życie wypełniły szczególne zasługi dla Kościoła i Rzeczpospolitej. W naszej pamięci zapisał się jako oddany ojczyźnie, niestrudzony w pracy, żarliwy patriota, który nie ugiął się pod komunistycznym jarzmem” – napisał prezydent.

Jeszcze przed mszą w Bazylice odczytano list od prezydenta Andrzeja Dudy, który napisał o zmarłym: „Jego pełne poświęcenia życie wypełniły szczególne zasługi dla Kościoła i Rzeczpospolitej. W naszej pamięci zapisał się jako oddany ojczyźnie, niestrudzony w pracy, żarliwy patriota, który nie ugiął się pod komunistycznym jarzmem”. Prezydent Andrzej Duda odznaczył pośmiertnie ks. Stanisława Bogdanowicza Krzyżem Wielkim Orderu Odrodzenia Polski za „wybitne zasługi w działalności na rzecz Kościoła Katolickiego w Polsce oraz zachowanie dziedzictwa narodowego, za pracę duszpasterską i społeczną na rzecz środowisk kombatanckich”. Order został przekazany na ręce brata zmarłego duchownego.

Specjalny list wystosowała też premier Beata Szydło. Nazwała w nim zmarłego „niezastąpionym przewodnikiem na drodze wiary z oddaniem wypełniającym swoją misję, kapłanem o pięknej karcie opozycyjnej”. „Postawą i wyborami dawał przykład odwagi, konsekwencji i niezłomności zasad. (…) Kierujące nim idee przekuwał zawsze w konkretne działania skierowane zawsze ku dobru człowieka, dobru Kościoła i naszej ojczyzny. (…) Polski Kościół, polskie życie społeczne, a przede wszystkim Gdańsk, tracą dziś wybitnego kapłana oddanego Kościołowi, swemu miastu i Polsce” – napisała premier w liście, który został odczytany podczas mszy.

Metropolita gdański, arcybiskup Sławoj Leszek Głódź podkreślił podczas liturgii, że autentyzm kapłaństwa księdza Bogdanowicza wynikał z głębokiej relacji z Chrystusem. Powiedział, że widzieli to gdańscy wierni, którzy rozpoznawali w nim autentyzm jego życia i kapłaństwa.

Trumnę umieszczono w Krypcie Kapłanów Archidiecezji Gdańskiej w Bazylice Mariackiej. Duchowny zmarł 20 października w wieku 78 lat.