Pierwsi kupcy portugalscy dotarli do Japonii w latach 40 XVI wieku. Był to dla tego wyspiarskiego kraju wyjątkowy czas, określany jako Sengoku Ji-daji, czyli „Epoka Kraju ogarniętego wojną”. Dość powiedzieć, że akcja większości filmów samurajskich rozgrywa się właśnie w tym czasie. Cesarz, rezydujący w swym wspaniałym pałacu, od dawna już nie posiadał realnej władzy, choć cieszył się ogólnym szacunkiem, jako przedstawiciel dynastii wywodzącej się od półboskich założycieli Japonii. Faktyczna władza spoczywała w rękach shogunów, będących czymś na kształt wielkiego wezyra. Po osłabieniu shogunów z rodu Ashikaga wielu mniejszych i większych feudałów zorientowało się, że władza leży na ziemi i trzeba się tylko po nią schylić.  Przywódcy klanów, daymio, zawierali ze sobą sojusze by później zdradziecko je zrywać, wielcy toczyli ze sobą wojny, mali obalali wielkich w wyścigu do władzy.  Po kraju włóczyły się bandy dezerterów z rozbitych armii, bezpańskich samurajów – roninów i pospolitych bandytów.

Portugalscy żeglarze przywieźli do Japonii liczne, nieznane tam wcześniej dobra. Japończykom najbardziej spodobała się broń palna, arkebuzy i działa, którą najpierw zaczęli kupować a później sprawnie wytwarzać w swoich własnych manufakturach. Arkebuzy okazały się elementem, który znacząco wpłynął na kształt wojen japońskich. Do tej pory amie klanów liczyły od kilkuset do kilku tysięcy samurajów – przedstawicieli wyspecjalizowanej klasy militarnej. W okresie Sengoku armie rozwinęły się w kilkunastotysięczne by w końcu osiągnąć imponujące rozmiary ponad stutysięcznych  mas w ostatnich bitwach toczonych przed zjednoczeniem Japonii. Stało się to możliwe, dzięki formowaniu wielkich jednostek uzbrojonych w arkebuzy i włócznie, kompletowanych z chłopskich rekrutów – ashigaru. Wojny nabrały jeszcze większego rozmachu. Ludzie z niższych warstw społecznych, dzięki swej sile, odwadze i sprytowi potrafili w tych niełatwych czasach dostać się na szczyty władzy. Takim był między innymi Toyotomi Hideyoshi, najsłynniejszy wojownik wywodzący się z chłopskich ashigaru, który w pewnym momencie przejął faktyczną władzę nad większością kraju.

Japończykom oprócz broni palnej przywiezionej przez zamorskich kupców  spodobało się jeszcze jedno. Chrześcijaństwo. Najwcześniej do brzegów Japonii docierać zaczęli z Ewangelią franciszkanie, ich śladem poszli jezuici. Japończycy przyjmowali chrześcijaństwo z różnych powodów. Dla niektórych daymio nowa wiara wydawała się dobrym narzędziem do zrównoważenia wpływów potężnych klasztorów buddyjskich. Tak zapewne myślał wódz klanu Oda, generał Nabunaga, który choć sam nie wierzył w nic, otaczał chrześcijańskie misje protekcją. Wielu samurajów przyjmowało nową wiarę w poczuciu lojalności, idąc za przykładem swoich feudalnych panów. Było jednak coś autentycznie  atrakcyjnego w nowej religii, co powodowało coraz liczniejsze nawrócenia w obszarze działania misji katolickich. Kodeks honorowy samuraja, bushido, upatrywał ideał życia w wiernej służbie, o ile to możliwe – służbie aż do śmierci. A co potem… oferta buddyzmu zen i shinto, tradycyjnych wierzeń japońskich nie była zbyt jasna. Chrześcijaństwo ze swą obietnicą Zbawienia pociągało za sobą surowych wojowników. Egalitaryzm w obliczu spraw ostatecznych, równość wobec Boga, również wydawały się atrakcyjne przedstawicielom różnych klas społecznych dawnej Japonii.

Pod koniec wieku XVI dla japońskich katolików nadeszły trudne czasy. Wspomniany już Hideyoshi Toyotomi zapoczątkował szereg prześladowań skierowanych przeciwko europejskim misjonarzom i katolickim Japończykom. 5 lutego 1596 roku w Nagasaki miała miejsce egzekucja 26 chrześcijan –katolickich misjonarzy i japońskich katolików. Większość ze straconych była wcześniej poddawana długotrwałym torturom i nakłaniana do porzucenia wiary. Nie ugięli się i skazani zostali na okrutną śmierć – poprzez ukrzyżowanie. Tych, którzy nie skonali na krzyżach dobito ciosami włóczni.  Wieść o męczeństwie katolików z Nagasaki dotarła do Europy. W pierwszej połowie XVII wieku nastąpiła ich beatyfikacja a w wieku XIX zostali oni kanonizowani przez papieża Piusa IX. Wśród kanonizowanych znaleźli się zarówno europejscy misjonarze, franciszkanie i jezuici, jak i rodowici Japończycy, przedstawiciele różnych warstw społecznych – samurajowie, chłopi, rzemieślnicy. 

W czasie, gdy trwał proces beatyfikacyjny Męczenników z Nagasaki nad Japonią zapadła już „bambusowa kurtyna”. Kraj odciął się od wpływów państwa europejskich i zatrzymał cywilizacyjnie na kilkaset lat. Japońscy katolicy poddani wielorakim prześladowaniom, praktykowali swoją wiarę w ukryciu. Gdy po dwustu pięćdziesięciu latach amerykańskie okręty komandora Perrego przerwały izolację okazało się, że w Japonii wciąż są ludzie wyznający Chrystusa. Kościół Katolicki w Japonii, wraz z innymi wyznaniami chrześcijańskimi, zaczął się z wolna odradzać. Nigdy nie stał się wyznaniem masowym ale japońscy katolicy słyną z wielkiej pobożności i przywiązania do tradycji. Nagasaki stało się jednym z ważniejszych ośrodków katolicyzmu w Kraju Kwitnącej Wiśni. Japońscy katolicy byli lojalnymi poddanymi cesarza, dzielącymi wraz resztą ludności wszystkie dole i niedole Imperium. Miasto Nagasaki stało się miejscem zbiorowego męczeństwa ludności japońskiej, w tym znacznej liczby katolików w sierpniu 1945 roku, gdy bomba atomowa wybuchła dokładnie nad katedrą Urakami (Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Marii Panny).

Kościół wspomina Męczenników z Nagasaki 6 lutego, w dzień po rocznicy ich męczeńskiej śmierci. Dla współczesnych chrześcijan na całym świecie dzieje katolicyzmu w Japonii są ciekawym i ważnym świadectwem. To tutaj wiara była w stanie przetrwać mimo wybitnie niesprzyjających okoliczności. To tutaj miały miejsce w XX wieku ważne objawienia maryjne w Akita. Losy japońskiego Kościoła mogą być zarazem przestrogą i znakiem nadziei.