Od 8 września 1939 r. Starzyński pełnił funkcję Komisarza Cywilnego przy Dowództwie Obrony Warszawy. Dwa dni wcześniej, 6 września 1939 r. generał Kazimierz Sosnkowski wezwał prezydenta Starzyńskiego do kwatery dowódcy obrony Warszawy gen. Waleriana Czumy. We wspomnieniach „Cieniom września” Sosnkowski odnotował: „Do prezydenta Starzyńskiego zwróciłem się z żądaniem natychmiastowego zmobilizowania ludności Warszawy do walki i do prac pomocniczych. Zostało ustalone, że skieruje on zaraz apel do mieszkańców stolicy aby zjawili się w wyznaczonych punktach zbiórki do kopania rowów i budowy barykad. Miasto zobowiązało się dać tyle sprzętu saperskiego, ile miało do dyspozycji, resztę oraz sprzęt minerski obowiązany był dostarczyć dowódca okręgu I. Zarząd miejski miał wyłączyć gaz i wodę w strefach obrony. Przed zakończeniem odprawy prezydent Starzyński zameldował mi, że wszystkie zalecenia wykona niezwłocznie, jednakże następnego dnia musi przekazać urząd prezydenta swojemu zastępcy oraz opuścić Warszawę, aby zameldować się w pułku (8 pac w Toruniu), do którego ma przydział na podstawie karty mobilizacyjnej. Moją odpowiedzią było wezwanie, aby pozostał na miejscu, w Warszawie, gdzie będzie potrzebniejszy aniżeli w pułku. Prezydent Starzyński oświadczył, że wobec takiego pozostanie na urzędzie, traktując mój rozkaz jako zwolnienie go od obowiązku stawiennictwa w pułku”.

Prezydent Warszawy

Stefan Starzyński, prezydent Warszawy, a właściwie od 1934 r. jej komisarz (mianowany przez rząd, a nie wybierany przez Radę Miasta) wypowiedział te legendarne dziś słowa 23 września 1939 r. w komunikacie radiowym do mieszkańców ukochanej przez siebie stolicy:

„Chciałem, by Warszawa była wielka. Wierzyłem, że wielka będzie. Ja i moi współpracownicy kreśliliśmy plany, robiliśmy szkice wielkiej Warszawy przyszłości. I Warszawa jest wielka. Prędzej to nastąpiło, niż przypuszczaliśmy. Nie za lat pięćdziesiąt, nie za sto, lecz dziś widzę wielką Warszawę”.

Zaraz potem dodał:

„I choć tam, gdzie miały być wspaniałe sierocińce – gruzy leżą, choć tam, gdzie miały być parki – dziś są barykady gęsto trupami pokryte, choć płoną nasze biblioteki, choć palą się szpitale – nie za lat pięćdziesiąt, nie za sto, lecz dziś Warszawa broniąca honoru Polski jest u szczytu swej wielkości i chwały”.

Rozstrzelany przez niemieckich zbrodniarzy

Dlaczego Stefan Starzyński był niezłomny? Po 1 września 1939 r. to on organizował obronę Warszawy. Ochotnicze brygady pomagały zasypanym ludziom i zabezpieczały bombardowane domy.

27 października 1939 r. został aresztowany przez niemieckie Gestapo w gmachu warszawskiego ratusza, bo nie chciał opuścić miejsca pracy. Rzecz jasna ani myślał o ucieczce ze stolicy, mimo że marszałek Śmigły-Rydz wysyłał po niego samolot.

Starzyński nie wiedział, że cytowane przemówienie jest jego ostatnim. Niemcy (nie żadni kosmiczni naziści) osadzili go w więzieniu przy ulicy Daniłowiczowskiej, a następnie na Pawiaku. Stamtąd – jak wynika ze śledztwa Instytutu Pamięci Narodowej – między 21 i 23 grudnia 1939 r. wywieźli prezydenta w nieznanym kierunku. Niezłomnego obrońcę Warszawy rozstrzelali gdzieś na terenie miasta lub w jego okolicach.