W wielu wypadkach najeźdźcy kierowali się przygotowanymi wcześniej listami proskrypcyjnymi. W maju 1940 roku rozpoczęła się druga faza opatrzona kryptonimem ,,AB". Ponownie doszło do aresztowania tysięcy Polaków, których osadzano w doraźnie formowanych aresztach. W wielu miastach Niemcy zaadaptowali przedwojenne polskie zakłady karne do izolowania przeciwników. Kolejnym krokiem na drodze do ich fizycznego unicestwienia było rozbudowanie sieci obozów koncentracyjnych. 27 kwietnia 1940 roku Heinrich Himmler wydał rozkaz o utworzeniu pierwszego obozu Auschwitz zlokalizowanego na terenie Oświęcimia. Komendantem placówki został SS-Hauptsturmführer Rudolf Höss. 

Pierwszy transport 

13 czerwca 1940 roku 753 polskich więźniów wyprowadzono z cel tarnowskiego więzienia na ul. Konarskiego. Polaków przygotowano do drogi, choć nie poinformowano ich o celu podróży. Przeszli obowiązkową dezynfekcję, a następnie zostali zgromadzeni na Placu pod Dębem, skąd sformowali długi pochód na dworzec kolejowy. Przemarsz obserwowali mieszkańcy Tarnowa. Na dworcu więźniów wtłoczono do wagonów i skierowano do Oświęcimia. W transporcie znalazło się 728 ludzi. Nie ma stuprocentowej pewności, co stało się z ponad dwudziestoma Polakami, których wyprowadzono z tarnowskiego aresztu. Przypuszcza się, że część mogła uciec lub zostać przeniesiona do innych miejsc kaźni. Wśród więźniów pierwszego transportu byli żołnierze września, członkowie podziemnych organizacji niepodległościowych, gimnazjaliści, studenci, harcerze. Otrzymali numery od 31. do 758. Numery od 1 do 30 dostali przywiezieni z KL Sachsenhausen do Auschwitz 20 maja 1940 r. niemieccy więźniowie kryminalni, którym powierzono w obozie różne funkcje, m.in. kapo i blokowych.

Wielu więźniów tego transportu jesienią 1939 r. oraz w zimie i na wiosnę 1940 r. aresztowano w różnych miejscowościach południowej Polski, kiedy podejmowali próbę dotarcia przez Węgry do Wojska Polskiego tworzonego we Francji przez gen. Władysława Sikorskiego. Niektórych aresztowano już po przekroczeniu granicy, na terenie Słowacji. Hitlerowcy nazywali ich pogardliwie „turystami” lub „granicznikami”. Należał do nich Kazimierz Albin (oznaczony w obozie numerem 118), czy też Jerzy Bielecki (nr 243).Wśród aresztowanych byli także organizatorzy przerzutu na teren Węgier ochotników do oddziałów polskich we Francji, pochodzący głównie z Zakopanego i okolic. Byli to Józef Chramiec-Chramiosek (nr 101), reprezentant Polski w narciarstwie klasycznym na mistrzostwach świata w 1932 r. i 1936 r., rozstrzelany w KL Auschwitz pod Ścianą Straceń 24 sierpnia 1942 r., a także Bronisław Czech (nr 349), światowej sławy narciarz, trzykrotny olimpijczyk, instruktor narciarski, taternik, ratownik górski, pilot i instruktor szybowcowy – zmarł w niemieckim obozie koncentracyjnym, 5 czerwca 1944 roku z wycieńczenia. Niemcy przyjeżdżali kilkakrotnie do obozu proponując wolność za cenę współpracy. Wystarczyło tylko powiedzieć tak. Podpisać deklarację i stać się trenerem kadry niemieckiej. Zawsze kończył tym samym zdaniem : „Wolę zginąć jako Polak, niż żyć jako zdrajca".

Znaczną grupę więźniów w tym transporcie stanowili również członkowie organizacji konspiracyjnych działających na Sądecczyźnie i terenach do niej przyległych. Przykładowo w Związku Walki Zbrojnej (ZWZ) bardzo czynny był Stefan Syrek (nr 238), który podczas I wojny światowej walczył w Legionach, a ponad dwadzieścia lat później w kampanii wrześniowej 1939 roku.Zginął w obozowej komorze gazowej 8 sierpnia 1942 roku. Za działalność w ZWZ został aresztowany także kpt. Tadeusz Paolone (nr 329, w obozie Lisowski), twórca konspiracji w Tymbarku koło Limanowej, rozstrzelany pod Ścianą Straceń 11 października 1943 roku. W pierwszym transporcie znajdowała się liczna grupa patriotycznej młodzieży aresztowanej w ramach akcji A-B wymierzonej przeciwko polskiej inteligencji. Wśród nich wielu harcerzy, jak Józef Stós (nr 752), czy też Kazimierz Zając (nr 261). Do tej grupy należeli również bracia Emil (nr 377) i Stanisław (nr 132) Barańscy, pochodzący z Dynowa, którzy zginęli 3 maja 1945 r. w Zatoce Lubeckiej na zatopionym statku „Cap Arcona”, zbombardowanym pomyłkowo przez lotników angielskich. Niektórzy spośród przywiezionych w pierwszym transporcie zostali aresztowani w czasie obław ulicznych. Do nich należał Janusz Pogonowski (w obozie Skrzetuski, nr 253) z Krakowa, powieszony 19 lipca 1943 roku. Przed śmiercią wykopał stołek, na którym stał, przerywając komendantowi obozu Rudolfowi Hössowi odczytywanie wyroku śmierci, i zawisł na pętli, protestując w ten sposób przeciwko panującemu w obozie bezprawiu.