Na początku lat pięćdziesiątych władze komunistyczne przystąpiły do ataku na instytucje Kościoła. Jednym z przejawów represji było aresztowanie w styczniu 1951 r. biskupa kieleckiego Czesława Kaczmarka. Wokół jego procesu rozpętano gigantyczną kampanię propagandową. Śmierć Stalina nie zatrzymała ataku reżimu. Prymas Stefan Wyszyński zakładał, że może zostać aresztowany. „Gdy będę w więzieniu, a powiedzą Wam, że Prymas zdradził sprawy Boże – nie wierzcie. Gdyby mówili, że Prymas ma nieczyste ręce – nie wierzcie. Gdyby mówili, że Prymas stchórzył – nie wierzcie. Gdy będą mówili, że Prymas działa przeciwko Narodowi i własnej Ojczyźnie – nie wierzcie. Kocham Ojczyznę więcej niż własne serce i wszystko, co czynię dla Kościoła, czynię dla niej” – stwierdził Wyszyński w homilii wygłoszonej kilka dni przed aresztowaniem we wrześniu 1953 r. Kolejne trzy lata spędził w miejscach internowania w: Rywałdzie (tydzień), Stoczku Warmińskim (ponad rok), Prudniku i Komańczy (tam dysponował największą swobodą i nie był bezpośrednio nadzorowany przez bezpiekę).

W trakcie internowania opracował program odnowy życia religijnego w Polsce, zawarty w idei Jasnogórskich Ślubów Narodu. Przygotował także założenia Wielkiej Nowenny przed obchodami Tysiąclecia Chrztu Polski. 16 maja 1956 r. w Komańczy zapisał ostateczną formułę Jasnogórskich Ślubów Narodu Polskiego. W tym czasie na Jasnej Górze trwały przygotowania do wielkiej uroczystości w trzechsetną rocznicę Ślubów Lwowskich króla Jana Kazimierza. 26 sierpnia do Częstochowy przybyło milion wiernych. Na pustym tronie prymasowskim spoczywała wiązanka kwiatów.

Żądania uwolnienia prymasa pojawiły się na fali odwilży w październiku 1956 r. Sprawa ta nie była jednak punktem w dyskusjach na szczytach władz partii. 24 października 1956 r. na gigantycznym wiecu na placu Defilad część manifestantów wznosiła hasło „Wyszyński do Biura Politycznego”. I sekretarz warszawskich struktur PZPR Stefan Staszewski wspominał, że Władysław Gomułka był wściekły z powodu tej „klerykalizacji” wiecu, który miał być wielką manifestacją poparcia dla jego przywództwa w PZPR. Prawdopodobnie Gomułka zdecydował o niemal natychmiastowym uwolnieniu prymasa z powodu nastrojów społecznych i chęci ich choćby częściowego pacyfikowania w imię hasła o „zakończeniu wiecowania”.

24 października 1956 r. Gomułka zdecydował o wysłaniu do Komańczy swoich najbliższych współpracowników – Władysława Bieńkowskiego i Zenona Kliszki. Ich zadaniem miało być zbadanie stosunku Wyszyńskiego do przemian dokonujących się w Polsce. Po przybyciu do klasztoru o poranku 26 października musieli zaczekać, aż prymas zakończy modlitwę w klasztornej kaplicy. „Trzy lata na nich czekałem, teraz niech oni poczekają na mnie” – powiedział, gdy jedna z sióstr zakonnych poinformowała go o przyjeździe wysłanników ze stolicy. Następnie Bieńkowski i Kliszko odbyli dwugodzinną rozmowę z duchownym. W jej trakcie powiadomili prymasa o jego uwolnieniu. W odpowiedzi przywódca polskiego Kościoła stwierdził z ironią: „Jestem tego zdania od trzech lat, że miejsce Prymasa Polski jest w Warszawie”. Wysłannicy Gomułki przedstawili prymasowi dramatyczną sytuację na Węgrzech. Wyszyński zażądał od delegacji rządowej przywrócenia swobody działalności Kościoła, np. możliwości nieskrępowanego obsadzania stanowisk kościelnych, nieograniczanej katechizacji oraz wydawania prasy katolickiej. Większość jego postulatów została częściowo spełniona w kolejnych latach.

Jeszcze tego samego dnia Bieńkowski i Kliszko powrócili do Warszawy. Na posiedzeniu Biura Politycznego zdali relację z rozmowy z prymasem. W ich opinii Wyszyński pozytywnie spoglądał na „próby zerwania z błędami przeszłości”. Komuniści nabrali pewności, że powrót kard. Wyszyńskiego będzie czynnikiem stabilizującym nastroje społeczne, i formalnie wyrazili zgodę na zakończenie internowania. Jeszcze przed przyjazdem prymasa do Warszawy sekretarz episkopatu Zygmunt Choromański i jego przewodniczący pod nieobecność prymasa bp Michał Klepacz wysłali do Gomułki list dotyczący m.in. zniesienia dekretu o obsadzaniu stanowisk kościelnych wyłącznie za zgodą instytucji państwa oraz zwolnienia wszystkich więzionych duchownych. 27 października do Komańczy przyjechał bp Choromański, a następnego dnia Kliszko. W imieniu władz przekonał prymasa, aby natychmiast wrócił do Warszawy. Prymas początkowo planował powrócić do stolicy przez Częstochowę, aby tam podziękować Matce Boskiej za przetrwanie trzech lat internowania. W kolejnych latach trzykrotnie odwiedzi klasztor w Komańczy – w 1958, 1972 i 1976 r.

Wieczorem 28 października Wyszyński wrócił do Domu Arcybiskupów Warszawskich. Z jego balkonu pobłogosławił tłum wiernych. „Droga, przez którą przeszedł Kościół i naród, była ciężka i bolesna. Ale przebrnęliśmy przez nią w cierpliwości” – napisał tego dnia w liście do wiernych. Pierwszym podpisanym przez prymasa dokumentem był telegram do papieża Piusa XII, w którym informował o powrocie do pełnienia wszystkich swoich obowiązków. 2 listopada Wyszyński udał się na Jasną Górę, gdzie wyraził wdzięczność za wszystkie modlitwy wiernych w czasie jego internowania.

3 maja 1957 r. na Jasnej Górze zainaugurował Wielką Nowennę. W jego programie duchowym miała być zdecydowaną odpowiedzią na ideologię marksistowską. Jej celem było moralne odrodzenie społeczeństwa, a przez to doprowadzenie do upadku totalitaryzmu komunistycznego. „Dziewięcioletnie przygotowanie do Milenium winno całą Polskę przeobrazić wewnętrznie. Los komunizmu rozstrzygnie się w Polsce. Jak Polska się uchrześcijani, stanie się wielką siłą moralną, komunizm sam przez się upadnie. Losy komunizmu rozstrzygną się nie w Rosji, lecz w Polsce, przez jej katolicyzm. Polska pokaże całemu światu, jak się brać do komunizmu, i cały świat będzie jej wdzięczny za to” – powiedział na spotkaniu z duchownymi archidiecezji warszawskiej we wrześniu 1957 r.

Przed wyborami do Sejmu w 1957 r. wraz z Episkopatem Polski Wyszyński wezwał do wzięcia udziału w głosowaniu. Sam również wziął w nim udział. Był to szczytowy moment poprawy stosunków między Kościołem a reżimem komunistycznym. W następnych miesiącach rządzący powrócili jednak do ataków na Kościół i ograniczania możliwości jego działania, m.in. w sferze edukacji, budowy nowych świątyń oraz działalności społecznej. W kolejnych latach ataki reżimu na Kościół narastały. Ich zwieńczeniem były obchody tzw. tysiąclecia państwa polskiego, zorganizowane jako przeciwwaga dla Milenium Chrztu Polski. (PAP)