Ano, chcieli budować. W zamyśle władzy Nowa Huta miała być w przeciwieństwie do konserwatywnego Krakowa miastem na wskroś socjalistycznym. Żadnych kościołów! Trzymano się tego konsekwentnie, ale po przedstawieniu dwóch petycji z 7 i 12 tysiącami podpisów, jako że była odwilż, W. Gomułka miał powiedzieć, że „nie widzi problemu”, by powstał kościół. Wyznaczono lokalizację przy skrzyżowaniu ulic Marksa i Majakowskiego, na posesji ustawiono drewniany krzyż. Wkrótce klimat polityczny się zmienił. W listopadzie 1959 r. dzielnicowy wydział finansowy zajął 2 mln zł zebrane wśród parafian przez Komitet Budowy Kościoła. Miesiąc później, 31 grudnia 1959 r., kuria otrzymała z Warszawy pismo, że kościoła nie będzie, bo parafia nie posiada tytułu własności do działki. W tym miejscu zbudowana będzie szkoła tysiąclecia. Na jej budowę przekazano owe zarekwirowane 2 mln zł. Ksiądz biskup Karol Wojtyła interweniował, ale bezskutecznie. Władza nakazała zabranie krzyża do 26 kwietnia 1960 r. Dzień później od rana robotnicy przystąpili do usuwania krzyża. O godz. 11 zgromadziło się już około tysiąca osób. Śpiewano pieśni patriotyczne i religijne, próbowano przeszkodzić w usunięciu krzyża. Tłum gęstniał, o godz. 14 protestujących zasiliła kończąca pracę w hucie pierwsza zmiana. Władza zadecydowała o rozproszeniu tłumu, ale obecne na miejscu milicyjne oddziały, ZOMO i SB nie były w stanie zapanować nad sytuacją. Użyły gazu łzawiącego i armatki wodnej. W rewanżu posypały się na nich wyrywane z bruku kamienie. Podpalony został budynek Rady Narodowej. Do Krakowa przyleciał Zenon Kliszko, jednostki milicyjne w 12 miastach wojewódzkich zostały postawione w stan gotowości. Do Nowej Huty ściągnięto na pomoc oddziały milicyjne z Katowic, Kielc, Rzeszowa i Tarnowa. Zamieszki rozszerzyły się na inne nowohuckie osiedla. Nowej Hucie odcięto prąd, telefony i komunikację z Krakowem. Dopiero koło północy spacyfikowano zajścia.
Mimo groźnych pohukiwań W. Gomułki krzyż pozostał na swoim miejscu. Szkołę zbudowano w pobliżu. W następnych latach pod gołym niebem biskup Wojtyła odprawiał w Bieńczycach pasterkę. W latach 1967-1977 nieopodal zbudowano kościół Arka Pana, który Karol Wojtyła, już jako kardynał, konsekrował. W miejscu walk w 2001 r. ukończono budowę kościoła Najświętszego Serca Pana Jezusa, obok którego ustawiono pomnik Krzyża Nowohuckiego.